기독의학연구원은 예수병원이 기독병원으로서 신앙과 과학을 통합하는 의학교육의 실시와 전문의를 위해 학술적 우수성을 추구할 수 있는 길을 제공함으로서 사기를 진작시킨다는 목적으로 1985년에 세워졌다. 기독의학연구원의 설립을 위해 미국 국제개발처(AID)와 대한생명보험 최순영 회장이 도움을 주었다. 예수병원 부설 기독의학연구원은 과학적 진리는 하나님의 진리라는 설대위 원장의 신념에 의해 탄생했으며 설대위 원장이 해외재정 지원자들에게 보낸 편지에서 그의 생각이 잘 표현되고 있다. “과학적 발견의 꿈과 하나님의 목적을 발견하기 위해 미지의 바다 건너 빛의 아버지에 의해서만 인도되는 치유의 사역을 수용하는 건물이라고 부르기로 했다.”고 했다. 설대위 원장은 1985년 기독의학연구원 봉헌사에서 “기독병원으로서 예수병원은 신앙과 과학을 통합하는 의학교육을 실시해야 한다는 것이 우리의 신념이었다. 전문의를 위해 학술적 우수성을 추구할 수 있는 길을 제공하고 사기를 진작시키는 것도 중요한 점이다.”고 말했다. 기독의학연구원은 의학 연구에 초점이 맞춰진 기초과학 연구원으로 생화학 실험실, 면역학 실험실, 그리고 분자생물학 실험실을 갖추고 있다. 의학 연구 중 대표적인 것으로 한국인 위암의 유전자 변이 및 이와 관련된 암항원의 발현과 암성 복수를 일으킨 쥐에서 인터루킨 12의 암에 대한 완화적 치료 효과를 연구하고 있다. 향후 암센터와 연계하여 주로 암을 연구하는 기관으로 발전시킬 계획이다.